قالت الأمانة العامة لمجمع البحوث الإسلامية "ان جبهة علماء الأزهر قد انحرفت عن الجادة و خرجت عن اهدافها"، مؤكدا "أن الذي يمثل الأزهر الشريف كأكبر مؤسسة دينية إسلامية في العالم هو فضيلة الإمام الأكبر شيخ الأزهر الشيخ أحمد الطيب ، والهيئات التي يشملها الأزهر الشريف وعلى رأسها هيئة كبار العلماء"  وقال المجمع في بيان له:" لقد تأسست جبهة علماء الأزهر عام 1946م كجمعية أهلية، وتم إشهارها لدى وزارة الشؤون الاجتماعية، وقد نصَّ نظامها الأساسي على أن المقصد العام لهذه الجمعية هو إعزاز الإسلام والمسلمين، ورفع شأن الأزهر والأزهريين" واضاف:"وقد ظلت هذه الجبهة تؤدي عملها كجمعية أهلية على النحو الصحيح، حتى انحرفت عن الجادة، وخرجت عن أغراضها، وبدلاً من أن تعمل على رفع شأن الأزهر والأزهريين، أخذت تنال من الرموز الدينية لهذا المجتمع وكبار علمائه، وغير ذلك من المخالفات" ، و أضاف "وبناءً على ذلك تمَّ حلّ مجلس إدارة هذه الجمعية وتعيين مجلس مؤقت لها بقرار السيد محافظ القاهرة رقم (381) لسنة 1998م ، وقد صدر حكم المحكمة الإدارية العليا بصحة قرار السيد محافظ القاهرة المشار إليه، وهو حكم بات لا يقبل الطعن عليه بأي حال،ثم تمَّ تغيير اسم هذه الجمعية من "جبهة علماء الأزهر" إلى "الجمعية الخيرية للعاملين في هيئات الأزهر" بتاريخ 8/4/1998م" ومن ثم فلا يوجد حاليًا جمعية أهلية باسم "جبهة علماء الأزهر" والذين يدّعون وجود جمعية بهذا الاسم لا يمثلون إلا أنفسهم.