البروتينات والأحماض الأمينية مهمة جداً للجسم ولبناء الخلايا والعضلات، ولنظام مناعة قوي، وتوجد لمرضى الايدز توصيات خاصة حول الكميات الواجب عليهم تناولها منها، كما يلي: للرجال: 100-150غم في اليوم. للنساء: 80-100 غم في اليوم. في حال مرضى الايدز الذين يعانون من أمراض الكلى ، فان تناول كميات عالية من البروتين قد يثقل على كاهل الكليتين، لذا فان التوصيات لهم بان تكون كمية السعرات الحرارية المستمدة يومياً من البروتين لا تتجاوز 15-20 %.