يعتمد علاج التهاب المسالك البولية المتكرر على المضادات الحيوية (Antibiotics) المضادة للجراثيم المسببة للالتهاب. عند اختيار نوع العلاج، يجري الاهتمام بعدة عوامل منها جيل المصاب/ة، الأمراض الأخرى التي أصيب بها، العيوب في المسالك البولية وآداء الكلى، الحمل أو الحساسية للمضادات الحيوية. ومن الاعتبارات الأخرى التي تؤخذ في الحسبان، حدّة الالتهاب، نوع الجراثيم وحساسيتها للأدوية. يتم اختيار نوع المضاد الحيوي اعتمادا على كل ما ذكر أعلاه. وعادة ما تكون مدة العلاج قصيرة، ويتم العلاج عن طريق الفم أو بالحقن الوريدي. أما إذا كان الالتهاب بالمسالك البولية التهابًا متكررًا، فيتم إعطاء علاج بالمضادات الحيوية لمدة طويلة وبجرعات منخفضة. وأخيرا، اكتشف أن عصير التوت البري (Cranberry) أو عصيره المركّز يؤثر تأثيرًا إيجابيًا ويساهم بمنع الإصابة المتكررة بالتهاب المسالك البولية.