لم يمر دفاع الدكتور المرزوقي على حزب التحرير دون أن يخلّف بعض الزوابع داخل الساحة السياسية والحزبية الداخلية لحزب حراك تونس الإرادة، حيث أعرب عدد من أعضائه عن غضبهم من هذا الموقف الذي لا يُناسب اللحظة السياسية، وقد خرج هذا الخلاف للعلن حيث دارت نقاشات حادة بين أعضاء هيئته السياسية على  صفحات "الفيسبوك".فهل بإمكان المرزوقي إعادة ترتيب الأوراق ولملمة شتات حزبه .