قال الشيخ نبيل نعيم مؤسس تنظيم الجهاد، إنه كان هناك رفض كبير من قبل التيار الإسلام السياسي لتولي الدكتور محمد البرادعي رئيس حزب الدستور، رئاسة الحكومة . وأضاف نعيم إلى "مصر اليوم" أن عدم تعيين الدكتور محمد البرادعي رئيسا للوزراء قرار صائب لأنه كان سيثير غضب التيارات الإسلامية في مصر ، ويزيد من حدة الاحتقان في الشارع المصري، ولكن التراجع عن تعيين البرادعي رئيسا للحكومة اعطي نوع من التهدئة في الشارع من قبل التيارات الإسلامية. ورأى أن "الإخوان المسلمين" أخذت فرصتها وفشلت، وأن ما يحدث في الشارع "دفاع عن مشروع الإخوان وليس دفاعا عن مشروع الإسلام"،مضيفا "مرسي أضر بالإسلام، والإخوان أخافوا الناس من الإسلام"، مشددا أن الشرعية موجودة في الشارع ومتظاهريه وليست لدى مرسي".  وحمّل نعيم جماعة "الإخوان المسلمين" المسؤولية عن أحداث العنف، متسائلاً عن سبب وجود 180 مسلحا في مكتب الإرشاد، فالإخوان دافعوا عن مكتب الارشاد وقتلوا 12 مصريا بخلاف المصابين .. وعندما دافع الحرس الجمهوري عن المبنى صوروها على مذبحة واعتداء من قبل الجيش على المتظاهرين رغم أن الجميع يعرف تماما أن االقوانين الدولية تعطي الحق لمؤسسات العسكرية للدفاع عن نفسها ..لأنها تمثل الأمن القومي للبلاد.   وأكد أن استمرار حشد جماعة الإخوان المسلمين في الشارع يرجع إلى أنهم يضغطون على المؤسسات المصرية من أجل ضمان خروج آمن لقيادات الجماعة، وعدم محاكمتها، وليس دفاعاً عن الشرعية كما يروجون، موضحا أن التيارات الإسلامية تفهم ذلك جيدًا، ولكن ما يقلق التيارات الإسلامية هو عملية الاعتقالات والعودة إلى السجون مرة أخرى، وهو لن يكون؛ لأن مؤسسات الدولة أكدت أكثر من مرة على عدم إقصاء أي فصيل سياسي أو ديني من الحياة المصرية، وأن المتحدث الإعلامي باسم رئيس الجمهورية أحمد المسلماني أكد على فتح حوار مع شباب الإخوان. وتوقع أن الناس لن تستمر تحتشد مع الإخوان طويلاً وستنفض من حولهم، وأقصى بقاء للإخوان في الشارع أسبوعاً، فهم لن يستطيعوا الصمود كثيرًا. وتابع إن جماعة الإخوان المسلمين لم يكن لديها خطة موضحة لكي يتمسك بهم الشعب، والولايات المتحدة تسعى لمصلحتها، مشيرًا إلى أن الرئيس المعزول محمد مرسي اعتقد أن أمريكا من الممكن أن تتورط في حرب من أجله.  وأضاف "أن جماعة الإخوان المسلمين تستخدم الدين كوسيلة للوصول إلى كرسي الحكم، ويعتمدون على الاستخفاف بذاكرة الشعوب، لافتا إلى أن دعوة الرئيس السابق محمد مرسي، قوات الأمن بالحفاظ على أرواح الخاطفين والمختطفين أثناء أحداث خطف بعض الجنود المصريين بالعريش تدل على تورطه في خطفهم. وأشار إلى أن الجماعات الجهادية تحولت لجماعات تكفيرية، مشددًا على أن محمد الظواهري شقيق أيمن الظواهري ضحى بعدد كبير من الجهادين بإنشاء ما يسمى بطلائع الفتح. ولفت إلى أن جماعة الإخوان المسلمين وظفت عددا من الجماعات الجهادية للقيام بالأعمال القذرة من أعمال العنف التي يشهدها الشارع المصري، مؤكدا أن تظاهرات 30 حزيران/يونيو الماضي والقوات المسلحة أحبطت مخططا أميركيا لنقل السيناريو السوري إلى مصر، منتقدا وبشدة الولايات المتحدة الأميركية والرئيس الأميركي أوباما. ووجه نعيم رسالة إلى قيادات الإخوان بحق دماء المصريين والحفاظ على شبابهم، مشددا على أن الدخول في مواجهة مع الدولة سيفشل وستكون عواقبه وخيمة على التيار الإسلامي السياسي كله وليس على الإخوان المسلمين فقط، مطالبا قياداتهم وشبابه بالتحلي بالحكمة والعقل حقن دماء المسلمين.   وأكد أن أميركا تخلت عن الإخوان، كما تخلت من قبل عن حسني مبارك وشاه إيران، لأنها لا تسعى إلا لمصلحتها فقط.