رفضت حركة "6 أبريل" أية حماية رئاسية أو عسكرية لكل من رئيس المجلس العسكري السابق، المشير حسين طنطاوي، والفريق سامي عنان واللواء الرويني، وحمايتهم من المساءلة القانونية، هم وبقية أعضاء المجلس العسكري، بسبب ما ارتكبوه في حق الثوار المدنيين خلال فترة توليهم شؤون البلاد، حسب قولها. وقالت الحركة في بيان لها "إنَّ حديث الرئيس محمد مرسي بشأن رفضه محاكمة طنطاوي وعنان، هو شيء مخزي ومرفوض، لأنَّه لا أحد فوق القانون، مؤكدة أنَّه مهما طال الوقت فإنَّ طنطاوي وعنان والرويني وبدين سيمثلون أمام القضاء ويحاكمون على كل الجرائم التي ارتكبوها في حق هذا الشعب، على حد قوله . أضاف البيان أنَّ ما يقوم به بعض الصحافيين والإعلاميين المحسوبين على نظام مبارك من الترويج لفكرة أنَّ المؤسسة العسكرية حزينة على خروج طنطاوي وعنان وأنَّها قد تلوح لاستخدام القوة ضد السلطه الحالية لحمايتهم، هو محض وهم وأكاذيب. وأكد البيان أنَّ أغلبية قيادات وقواعد المؤسسة العسكرية سعيدة بخروج طنطاوي وعنان من على رأس المؤسسة العسكرية، مضيفًا أنَّ الحركة ستكمل مسيرتها للضغط من أجل محاكمة أعضاء المجلس العسكري، رغم أنَّ هناك تقاعس من قبل النائب العام، في تحريك القضايا والبلاغات ضدهم، وقالت إنَّ كل هذا القضايا لا تسقط بالتقادم. وكان الرئيس محمد مرسي قد رفض إهانة المشير طنطاوي والفريق سامي عنان بعد نشر خبر يفيد بمنعهم من السفر في جريدة "الجمهورية"، وتم إحالة رئيس تحرير الجريدة إلى مجلس التأديب وإقصائه من منصبه بقرار من مجلس الشورى.