تتولى هيئة البيئة في أبوظبي مسؤولية إدارة شبكة الشيخ زايد للمحميات الطبيعية، وهي شبكة من المحميات البرية والبحرية المنتشرة في جزيرة أبوظبي وشواطئها من الظفرة إلى صحراء ليوا، و تمثل 15.43% من البيئة البرية للإمارة، و13.45% من البيئة البحرية، مما جعل إمارة أبوظبي ضمن المراكز العشرة الأولى عالمياً في نسبة المحميات الطبيعية للفرد؛ حيث يتمتع كل 177 شخصاً بحوالي كيلو متر مربع من المحميات الطبيعية.

وتساهم المحميات في نجاح جهود إكثار وإطلاق الكثير من الأنواع، منها الفلامنجو (الفنتير الكبير) الذي يتخذ من محمية الوثبة ملاذاً له، والمها العربي التي كانت على حافة الانقراض، وتمت إعادة توطينها في محمية المها العربي؛ حيث تتمتع إمارة أبوظبي بتراث طبيعي غني وتنوع بيولوجي فريد من نوعه يشمل أيضا، الحبارى الإفريقي وأبقار البحر والدلافين والأنواع النادرة من السلاحف البحرية، و حتى يتسنى الحفاظ على النباتات والحيوانات المحلية في الإمارة، فضلاً عن الموائل الرئيسية التي تأوي هذه الأنواع أنشئت شبكة عرفت باسم المحميات البحرية (MPAS) والمحميات البرية ( TPAS) والتي تعرف الآن باسم شبكة الشيخ زايد للمحميات الطبيعية.

وأوضحت الهيئة في تقريرها السنوي للعام 2017، أن المجلس التنفيذي لإمارة أبوظبي، قد أصدر خلال العام الماضي مرسوماً أميرياً للإعلان عن 17 منطقة محمية برية وبحرية، ويعتبر أكبر عدد من المحميات الطبيعية الذي تم الإعلان عنه رسمياً في وقت واحد في العالم، وبذلك يصل إجمالي عدد المحميات الطبيعية المحددة في إمارة أبوظبي إلى 19 محمية، لافتة إلى أن اختيار المناطق المحمية يرتبط بعوامل عدة أهمها حجم الموقع الذي يلعب دوراً مهماً في تحديد قابلية الاستدامة للموقع؛ إذ إنه كلما زاد حجم الموقع تزيد إمكانية إيوائه لمجموعات حيوية من الأنواع بشكل مستدام، وأيضاً نسب تمثيل الموائل الطبيعية؛ حيث إن كل موقع يمثل نظاماً بيئياً مختلفاً لا بد من تمثيله ضمن مساحات معينه.

وأشارت الهيئة باعتبارها الجهة المتخصصة في إدارة شبكة الشيخ زايد إلى قيامها بدور رئيسي في معالجة العديد من المشكلات ذات الصلة التي نشأت على الصعيدين الوطني والدولي، كما أسهمت الشبكة إسهاماً كبيراً في رسم السياسات وإعداد الإطار القانوني للمحافظة على البيئة ومصائد السمك والصيد البري والإدارة المتكاملة للمناطق الساحلية، كما ساهمت في صياغة الاستراتيجيات وخطط العمل الوطنية للتنوع البيولوجي(NBSAP) وتطويرها وتنفيذها لدولة الإمارات من أجل تحقيق أهداف ( ايتشي) للتنوع البيولوجي التي تم وضعها في إطار اتفاقية التعاون البيولوجي، كما حققت المحميات البحرية المركز الأول في مؤشر الأداء البيئي ( EPI) لدولة الإمارات في عامي 2014و2016، كما طبق إطار الاتحاد الدولي للحفاظ على الطبيعة بشأن فعالية الإدارة على 7 مناطق محمية، والذي أشار إلى ارتفاعها من 63% في 2014 إلى 84% في 2015 ثم 87% في 2016.

وقد أعدت هيئة البيئة إطاراً للسياحة البيئية داخل مناطق المحميات البحرية والبرية بهدف تعزيز الوعي داخل المجتمع، إضافة إلى فوائد خدمات النظم البيئية التي يوفرها التنوع البيولوجي المحمي؛ حيث عملت على تحديد ودراسة عدد من مواقع السياحة البيئية المحتملة وتم تقديمها إلى الشركاء المهتمين، وفي إطار حملتها للسياحة البيئية عملت على تنظيم عدد من رحلات كبار الشخصيات إلى المناطق المحمية.