أصدر الشيخ حمدان بن محمد بن راشد آل مكتوم ولي عهد دبي رئيس المجلس التنفيذي القرار رقم «11» لسنة 2018 باعتماد الهيكل التنظيمي لمركز الإمارات العالمي للاعتماد على أن يكون للمدير التنفيذي للمركز إصدار القرارات اللازمة لتنفيذ أحكام هذا القرار بما في ذلك اعتماد مهام الوحدات التنظيمية المشمولة بالهيكل التنظيمي المعتمد بموجب أحكامه.

ويتكون الهيكل التنظيمي للمركز من مجلس إدارة ومدير تنفيذي وخمسة مكاتب هي مكتب الاستراتيجية والتميز المؤسسي ومكتب اعتماد الحلال ومكتب التدقيق الداخلي ومكتب الدعم المؤسسي ومكتب التسجيل والتأهيل.

ويضم الهيكل ثلاث إدارات هي إدارة اعتماد المختبرات وتشمل ثلاثة أقسام هي قسم اعتماد مختبرات الفحص وقسم اعتماد مختبرات المعايرة وقسم اعتماد مختبرات الرعاية الصحية والإدارة الثانية هي إدارة اعتماد جهات التفتيش الهندسي وتضم قسمين هما قسم اعتماد جهات التفتيش الهندسي وقسم اعتماد جهات تفتيش الاستدامة.. أما الإدارة الثالثة فهي إدارة اعتماد جهات منح الشهادات وتحوي قسمين هما قسم اعتماد جهات منح شهادات الأنظمة وقسم اعتماد منح شهادات المطابقة للأفراد والمنتجات.ويلغى أي نص في أي قرار آخر إلى المدى الذي يتعارض فيه وأحكام هذا القرار ويعمل به من تاريخ صدوره وينشر في الجريدة الرسمية.