على الرغم من أن خل التفاح له العديد من الفوائد الصحية التي تدعمها العديد من  الدراسات العلمية على البشر، مع ذلك، هناك الكثير من المخاوف التى تثار بين كثير من الأشخاص حول أضراره وآثاره الجانبية المحتملة على الصحة.
 
وفقا لموقع " healthline" فإن خل التفاح يتم صنعه من عصير التفاح ويضاف إليه بكتيريا التى تخمر فى حمض يسمى حمض الخليك، الذى يشكل حوالي 5- 6٪ من خل التفاح، وعلى الرغم من أنه يصف ضمن فئة  "الحمض الضعيف"، لكن لا يزال لديه خصائص الحمض القوي عندما يتركز.

وقد وجدت العديد من الدراسات في الحيوانات والبشر أن حمض الخليك وخل التفاح قد يعززان حرق الدهون وفقدان الوزن، وانخفاض مستويات السكر في الدم، وزيادة حساسية الأنسولين وتحسين مستويات الكولسترول.
 
على الرغم من أن كميات صغيرة من خل التفاح جيدة وصحية، إلا أن تناول الكثير منه قد يكون له اضرار تشكل خطورة على الصحة وتشمل :

1-  مشاكل بالجهاز الهضمى
 
خل التفاح قد يسبب مشاكل بالجهاز الهضمى ،  فعلى الرغم من أنه قد يساعد على تقليل الشهية، ولكنه قد يسبب أيضا الغثيان خاصة إذا تم استخدامه بإفراط.

2-   انخفاض مستويات البوتاسيوم وفقدان العظام
 
تشير دراسة واحدة وفقا للتقرير أن تناول جرعات كبيرة من خل التفاح على المدى الطويل قد يسبب انخفاض مستوى البوتاسيوم في الدم وفقدان العظام، وأشارت الدراسة أيضا أن مستويات الحمض العالية يمكن أن تقلل من تشكيل العظام الجديدة.

3-   تآكل مينا الأسنان
 
من المعروف أن الأطعمة والمشروبات الحمضية تساهم فى تدمير مينا الأسنان، وأوضحت بعض الدراسات أن حمض الخليك في خل التفاح  قد يضر بمينا الأسنان،  ويؤدي إلى فقدان المعادن وتسوس الأسنان.

4-  التسبب فى حروق بالمرىء
 
خل التفاح لديه القدرة على التسبب في حروق المريء خاصة عند الأطفال، حيث أوصى الباحثون باعتبار ان الخل يعتبر "مادة كاوية قوية" يجب أن يحفظ بعيدا عن الأطفال.

5-  حروق الجلد
 
بسبب طبيعة خل التفاح الحمضية بقوة، قد يسبب حروق عند وضعه على الجلد، وذكرت تقارير طبية حدوث حروق في الجلد نتيجة استخدام خل التفاح لعلاج الشامات والعدوى وحب الشباب لبعض الأشخاص.