وفي الجانب الوقائي تنفذ الوزارة ممثلة بالمديرية خطة وقائية تشمل حملة إطلاق حملة لتطعيم المواطنين والمقيمين الراغبين في أداء فريضة الحج باللقاح الرباعي ضد الحمى المخية الشوكية، وكذلك العاملين في الحج (العاملين الصحيين، قوى الأمن، العاملين بالفنادق، إضافة إلى طلاب المدارس ممن لم يتم تطعيمهم خلال السنتين الماضيتين)، كما تم تشكيل فرق ميدانية من كل قطاع تقوم بتغطية التطعيم في المنطقة المركزية والوحدات المحيطة بالحرم من فنادق ومساكن الحجاج .

 كما يجري تطبيق إجراءات وقائية صارمة ضد بعض الأمراض المعدية والوبائية مثل الحمى الصفراء والحمى المخية الشوكية والكوليرا وأنفلونزا الخنازير، حيث يطلب من القادمين من الدول الموبوءة بالحمى الصفراء تقديم شهادة تطعيم ضد هذا المرض صالحة حسب المنظمات الصحية الدولية وفي حالة عدم وجود شهادة تطعيم يتم وضع الحاج تحت المراقبة الصحية الدقيقة لمدة ستة أيام من تاريخ التطعيم لمتابعة ظهور أي أعراض عليه والتبليغ، كما يتم التأكد من أن جميع الحجاج قد تم تطعيمهم باللقاح الرباعي التكافؤ في بلادهم بمدة لا تقل عن 10 أيام .

 واستحدث هذا العام قسم تشخيص للإمراض الفيروسية يشمل عدد من الفحوصات بالإضافة إلى أنفلونزا الخنازير وغيرها من الأمراض الفيروسية, والمختبر على استعداد لاستقبال التحاليل والفحوصات الأخرى, وقد تم تجهيز المختبر الإقليمي للمدينة المنورة لاستقبال الحالات متلازمة الشرق الأوسط التنفسية (كورونا) وعمل الاختبار وإرسال النتائج للقطاعات التابعة للمختبر من داخل المنقطة وخارجها مثل القصيم, والقريات, وتبوك, والوجه, وسكاكا على مدار 24 ساعة طوال العام, وتم توزيع العاملين على ثلاثة فترات وعمل جداول مناوبة للاستشاريين على مدار الساعة أيضا تم متابعة توفير المحاليل الخاصة باختبار الكورونا .

 أما في مجال التوعية الصحية فقد جرى إعداد نشرات وملصقات للتوعية الصحية بعدة لغات بالتنسيق مع الوكالة العامة للطب الوقائي بالوزارة، والتنسيق مع الأمانة للاستفادة من اللوحات المضيئة بالطرقات لنشر رسائل توعوية صحية .

يشار إلى أن الوزارة ممثلة بالمديرية العامة للشؤون الصحية في منطقة المدينة المنورة باشرت منذ يوم الأحد 1 / 11 / 1436هـ الموافق 16 / 8 / 2015م أعمالها بكامل طاقتها البشرية والفنية والتجهيزات الطبية، لتقديم الخدمات الصحية لزوار مسجد رسول الله صلى الله عليه وسلم قبل وبعد موسم الحج لهذا العام 1436هـ .