أدان القائمون على العملية التعليمية في جامعة الأزهر احداث المدينة  الجامعية التي قام بها الطلاب المنتمون لجماعة "الإخوان"، معتبرين أن هذه الاحداث تهدف الى نشر الفوضى وتعطيل العملية الدراسية التي تسير بشكل منتظم في معظم الكليات". واعرب الأزهر الشريف عن اسفه لهذه الواقعة وطالب بتحقيق فوري، فيما طالب رئيس نادي هيئة التدريس في جامعة الأزهر بفصل الطلاب المشاغبين نهائيا من الجامعة، وعودة الحرس الجامعي للقضاء على الفوضى التي يقوم بها طلاب جماعة الاخوان.
كما اعرب الأزهر الشريف عن اسفه لاحداث المدينة الجامعية،واصفا اياها بالمخزية ولا تتناسب مع الطلاب الازهريين.
واشارالى أن " الأزهر الشريف إذ يتألم ويرفض ما يقوم به بعض الطلاب من تخريب وإتلاف للمنشآت وتعريض حياة زملائهم للخطر، يعلن عن أسفه وحزنه العميق على فقدان أحد أبنائه الطلاب أثناء تصدي قوات الأمن لمحاولة إحراق المدينة الجامعية"
وطالب الأزهر بفتح تحقيق فوري لمعرفة ملابسات الحادث والإفادة بالنتيجة، ويدعو الازهر أبناءه الطلاب إلى الالتفات إلى دراستهم ومستقبلهم والكف عن تعريض حياتهم للخطر،معربا عن حزنه الشديد لفقدان ابن من أبنائه ، مقدما التعازي لأسرة الطالب.
وقال الدكتور إبراهيم هدهد نائب رئيس جامعة الأزهر، إنه "لا توجد أي حرائق بمبانى المدينة، وإن الطلاب أشعلوا النيران في أغصان يابسة داخل المدينة، ثم خرجوا للتظاهر وقطعوا الطريق.
واوضح "هدهد" ان مسألة حصر  خسائر المدينة الجامعية نتجية اشتباكات الاربعاء لاتزال جارية، لافتا إلى أن خسائر الأحداث شملت حرق بعض الأشجار وتكسير الأرصفة ولاتوجد خسائر فى المباني ،متوقعا ان تصل تكلفة الترميم  أكثر من مليون جنيه .
وأكد نائب رئيس جامعة الأزهر أنه سيتم طرد أي طالب يقوم بأية أعمال شغب أو تظاهر في المدينة الجامعية، مشيرا إلى أن الطالب يكلف الدولة 600 جنيه شهريا في بند التغذية فقط.
وأعربت جامعة الأزهر، عن أسفها لما حدث من مظاهرات  في المدينة الجامعية كانت بدأت سلمية وتطورت الى أن توفي الطالب عبدالغني محمد أحد أبناء الجامعه الذى يدرس بالفرقة السادسة بكلية الطب  .
وقالت الجامعة في بيان لها:":"تأسف ادارة جامعة الأزهر للأحداث التى وقعت مساء الاربعاء،بالمدينة للطلاب بمدينة نصر إثر مظاهرات بدأت سلمية ثم تطورت إلى قطع امتداد مصطفى النحاس مما حدا بالشرطة الى تفريق المتظاهرين ثم تطورت الأحداث الى ما أدى – للأسف – أن توفي أحد أبناء الجامعة وهو الطالب عبدالغني محمد بالفرقة السادسة بكلية طب بنين بالقاهرة وتم نقله في سيارة اسعاف المدينة الجامعية وأمر وفاته قيد التحقيق من قبل النيابة".
وأكدت الجامعة خالص تعازيه لأسرة الطالب وزملائه، مشيرا الى أن أمر وفاته قيد التحقيق  فى النيابة .
واضاف البيان:"الجامعة اذ تأسف لهذه الأحداث فانها تهيب بأبنائها الطلاب  عدم الانسياق وراء الشائعات وتنحية الجامعة عن الخلافات السياسية  والالتفاف الى ما جاءوا من أجله وهو طلب العلم ".
وناشدت الجامعة "المتظاهرين من الطلاب التزام السلمية وآداب الاختلاف فى الرأي وضبط سلوكهم وتصرفاتهم بمنهج القرآن والسنة الذى تعلموه فى الأزهر جامعا وجامعة ، وصيانه حق مئات الالاف من زملائهم  الطلاب الملتزمين فى دراستهم ".
ولفت الجامعه الى أنها لم ولن تألو جهدا فى رفع كفاءة الخدمات المقدمة لأبنائها فى الكليات والمدن الجامعية .