توالت ردود الأفعال الرافضة للمظاهرة التي نظمها "الإخوان المسلمين" وحركة "حماس" في باحات المسجد الأقصى المبارك، فقد رفض ممثلو القدس والمرجعيات الدينية الإسلامية والمسيحية ومسؤولون رفيعي المستوى "استخدام الأقصى المبارك والأماكن المقدسة، لتحقيق مصالح فئوية وللتدخل في الخلافات العربية الداخلية"، مؤكدين على "أهمية قضية القدس والأماكن المقدسة فيها، وبأن تبقى قضية توحد الأمة العربية والإسلامية من حولها لا أن تمزقها من أجل قضية داخلية تخص الشعب المصري وحده" وأكدت هذه الشخصيات أنها "كانت تتوقع مظاهرة ضد الاحتلال الإسرائيلي ومستوطنيه اللذين يدسنون الأقصى يوميًا" وحذر وزير الأوقاف والشؤون الدينية محمود الهباش، في تصريحات خاصة لـ "العرب اليوم" من "خطورة استخدام الأقصى المبارك واستخدام القدس في التعبير عن الخلافات والصراعات العربية الداخلية"، وأكد أن "القدس والأقصى المبارك يجب أن تبقى رمزًا لوحدة الأمة وليس لتمزيقها" واعتبر الوزير أن "ما جرى في باحات المسجد الأقصى هو محاولة من قبل عناصر محسوبة على حركة "حماس"، بهدف الزج بالشعب الفلسطيني وقضيته الوطنية في الأوضاع الداخلية المصرية والعربية"، معتبرًا أنها "محاولة بائسة ومرفوضة وتتناقض مع الموقف الذي انتهجته القيادة الفلسطينية برئاسة الرئيس محمود عباس"  ومن هنا طالب الهباش بـ "عدم إقحام الأقصى المبارك نهائيًا في الشؤون الداخلية المصرية والعربية"، مؤكدًا أن "المسجد الأقصى يجب أن يبقى فوق جميع الخلافات، وأن تبقى القضية الفلسطينة هي قضية الأمة العربية والإسلامية المركزية وأن تبقى الأولوية لتحرير فلسطين" وقال عضو اللجنة المركزية لحركة "فتح" اللواء توفيق الطيراوي، في بيان حصل "العرب اليوم" على نسخة عنه: إن الشعب الفلسطيني كان ينتظر مظاهرات عارمة في القدس وفلسطين وفي كل الأرض العربية، تضامنًا مع القدس في الجمعة الأولى من رمضان تطالب بكنس الاحتلال، لأنها القضية الكبرى، ولأن أهلها يستحقون الحرية كبقية شعوب العالم وأضاف الطيراوي "كان جديرًا بالإخوان المسلمين أن يتظاهروا لأجل القدس والمسجد الأقصى، لا أن يستخدموا الحرم القدسي الشريف، لأجل رئيس معزول في مصر لشعبها حرية اختيار رئيسه". وأشار إلى أنه "وفي الوقت الذي كانت ولا زالت وستبقى القدس وفلسطين القضية الأولى للعرب والمسلمين، والتي وفي الجمعة الأولى من شهر رمضان المبارك، الذي تشهق فيه القلوب بالدعاء للخالق من أجل الحرية، تطل علينا أصوات في الحرم القدسي الشريف لتستخدم قدسنا وتستغل قدسيته من أجل مظاهرة، لتساند عودة الرئيس المصري المعزول محمد مرسي، وتتناسى دماء آلاف الشهداء من أبناء الشعب المصري العظيم وقواته المسلحة، الذين سقطوا دفاعًا عن القدس وفلسطين. ولا تعرف هذه القلة التي خرجت في الحرم القدسي الشريف أن القدس أكبر من الأحزاب والرؤساء كلهم، الذين لم ينطقوا يومًا باسمها، بل ويريدون استغلالها لأهداف حزبية صغيرة ومرفوضة، وهذه المظاهرة التي شكلت مظهرًا مشوهًا وصغيرًا استغلته جماعة الإخوان المسلمين لخدمة قضيتهم الذاتية" وختم بيانه قائلا: إن مصر العظيمة وشعبها وجيشها البطل كانت ولم تزل مع القدس عاصمة العواصم ومع فلسطين وشعبها ومع قضية العرب الأولى ومن ناحيته، أكد وزير شؤون القدس ومحافظها عدنان الحسيني، في تصريحات صحافية أن "حشود المصلين الفلسطينيين الذين جاؤوا من المناطق كافة رفضوا رفع صورة الرئيس المصري المعزول في باحات الأقصى، وأن هذه الحشود جاءت ولديها رسالة واحدة ووحيدة أن الشعب الفلسطيني يقاوم الاحتلال الإسرائيلي وليس شيئًا آخر، ويؤكد أن القدس عربية وأن شعبنا موجود على هذه الأرض وإلى الأبد". وأضاف أن "هذا التصرف يمثل أصحابه فقط ولا يمثل بأي شكل من الأشكال الشعب الفلسطيني، الذي يرفض التدخل في الشؤون الداخلية للدول العربية، ويرفض الزج بالقدس والأقصى المبارك بالخلافات والصراعات العربية" هذا، وأعرب المتحدث باسم حركة "فتح" أحمد عساف عن "استهجانه للمظاهرة"، رافضًا "استغلال "حماس" وأعوانها لمكانة القدس والأقصى، والتي يجب أن يكون تحريرها قضية العرب والمسلمين الأولى، لا أن تستغل هذه القدسية لمصالح فئوية ضيقة ومن أجل جماعة بعينها، وأن تستغل للتدخل بشكل سافر في الشؤون الداخلية لمصر، ولنصرة طرف ضد مجموع الشعب المصري"، مؤكدًا أن "القدس كانت ولا تزال رمزًا لوحدة الأمة، وليس لتمزيقها وتفريقها"، محذرًا من "الزج بها في صراعات داخلية قد تحرق الأخضر واليابس" وأكد عساف أن "خروج بضع عشرات من "حماس" وأعوانها في ساحات المسجد الأقصى، ليهتفوا ضد الشعب والجيش المصري، ويعتبر خروج عن الإجماع الوطني الفلسطيني، وإضرارًا بمصالح شعبنا وقضيته، ولا يمثل القدس ولا أهلها، اللذين قالوا كلمتهم في ما يجري في مصر من خلال موقف سيادة الرئيس محمود عباس وفصائل منظمة التحرير الفلسطينية".