أثار قرار الرئيس محمد مرسي بقطع العلاقات بين مصر وسورية، حالة من الجدل بين الأوساط السياسية، منهم من اعتبر القرار جاء بأوامر أميركية، ومنهم من اعتبره دعمًا للثورة السورية.وقال سفير مصر في سورية الأسبق مصطفى عبدالعزيز، في تصريحات لـ"مصر اليوم"، "إن القرار جاء بشكل مفاجئ من قبل الرئيس المصري نفسه، ولم يأتي من الجامعة العربية مثل ليبيا، مما يزيد تعقد الأمور وتسهل التدخل الأجنبي  في سورية، وأن القرار سيدعم القرار الأميركي بتسليح المعارضة السورية، لأن مصر أكبر دولة عربية، مما يساعد على التدخل الأجنبي على غرار ليبيا"، مشيرًا أن القرار بقطع العلاقات مع سورية، سيؤثر على العلاقات بين مصر وإيران ، بعد أن اتجهت إلى الاعتدال بعد انقطاع دام أكثر من 30 عامًا. ورأى أستاذ العلوم السياسية محمد عبدالعظيم، أن القرار بقطع العلاقات كان يجب أن يكون مع إيران وليس سورية، أو مع "حزب الله"، مضيفًا أن "القرار سيؤثر على إعادة تشكيل العلاقات في المنطقة، وأن مرسي اتخذ هذا القرار قبل تظاهرات 30 حزيران/يونيو، في محاولة لإبعاد الشعب عن التظاهرات والتفكير في العلاقات الخارجية". وكتب الصحافي مصطفى بكري، في تدوينة له على موقع "فيسبوك"، "إن خطاب الرئيس مرسي هو إعلان حرب، وأنه ربما يلجأ غدًا إلى توريط الجيش المصري في حرب ضد الأشقاء السوريين لأهداف طائفية وإرضاءً لأميركا". واعتبر عضو "الجماعة الإسلامية" صفوت عبدالغني، لـ"مصر اليوم"، أن "قرار الرئيس محمد مرسي صائب وفي وقته، وكان لابد من قطع العلاقات مع الحكومة السورية التي تقتل المئات من المسلمين يوميًا"، موضحًا أن "الجهاديين" و"الجماعة الإسلامية" تدعم قرار الرئيس مرسي، وتحييه عليه لردع حكومة دمشق، ودعم الثورة السورية بكل ما نملك. وقد أعلن الرئيس محمد مرسي، السبت، في مؤتمر حاشد في استاد القاهرة لدعم الثورة السورية، عن قطع العلاقات مع النظام السوري وإغلاق سفارة دمشق في القاهرة، وسحب القائم بأعمال السفير المصري في دمشق، لدعم الثورة السورية، ومقاطعة نظام الأسد.