دعا سياسيون مصريون بابا الكنيسة الأرثوذكسية تواضروس الثاني إلى التدخل الفوري لحل أزمة تحويل مجرى نهر النيل من قبل إثيوبيا، لارتباط الكنيسة المصرية بالإثيوبية منذ زمن بعيد.وقال رئيس منظمة "الاتحاد المصري لحقوق الإنسان"، نجيب جبرائيل، لـ"مصر اليوم"، إن مطالبة الكنيسة المصرية بالتدخل لحل أزمة المياه مع غثيوبيا، هي الحل الوحيد لتراجع أديس أبابا في قرارها أو الوصول إلى حل وسطي، بعد فشل الحكومة المصرية في حل الأزمة.وأضاف جبرائيل، أن الكنيسة المصرية تدخلت من قبل لحل أزمة مياه نهر النيل مع إثيوبيا،  وسبق للبابا شنودة التدخل في عصر الرئيس السابق حسني مبارك، لحل الأزمة، وأن الكنيسة المصرية في عهد ما بعد الثورة لا تزال تحتفظ بروابطها التاريخية مع الكنيسة في إثيوبيا، علاوة على وجود عدد من الكنائس المصرية هناك، داعيًا البابا تواضروس إلى إرسال المسؤول عن ملف أفريقيا في الكنيسة الأنبا باخوميس، إلى إثيوبيا، للتوصل لحل مرضي للطرفيين، علاوة على وجود وسطاء بين الكنيسة في مصر والحكومة الإثيوبية لمحاولة تفهم الوضع هناك.وأكد رئيس "الاتحاد المصري لحقوق الإنسان"، أن "قضية المياه تمس الأمن القومي للوطن، والكنيسة في مثل تلك الظروف تنحي الخلافات جانبًا من أجل المصلحة الوطنية، وستعمل الكنيسة ما في وسعها لمحاولة حل الأزمة، والوصول لأكبر مكاسب لمصر، بعيد عن أي خلافات سابقة".
ورأى المفكر القبطي جمال زاخر، لـ"مصر اليوم"، أن اقتراح تدخل الكنيسة المصرية  في حل أزمة المياه مع إثيوبيا أمرًا ضروريًا الآن بعد فشل الرئيس محمد مرسي والحكومة بقيادة هشام قنديل في الوصول إلى حل وسط، مطالبًا بتدخل البابا تواضروس الثاني فورًا للتحدث مع الكنيسة الإثيوبية للوصول إلى حل يرضي الأطراف بعيدًا عن القصر الرئاسي والحكومة.
وأكد البابا تواضروس الثاني، من فيينا في تصريحات صحافية، أنه لم يكلف من قبل قصر الرئاسة للتوسط لدى الكنيسة الإثيوبية لحل أزمة حوض النيل، عقب بدء أديس أبابا بتحويل مجرى النيل الأزرق، ولم أتلق أية اتصالات هاتفية من الرئيس مرسي أو أي مسؤول حكومي للتدخل لدى الكنيسة الإثيوبية لحل أزمة المياه بين البلدين.
وأفادت مصادر في المقر البابوي في القاهرة، لـ"مصر اليوم"، أن البابا تواضروس على استعداد لللتدخل في حل الأزمة، إذا طلب منه ذلك، وأنه سيلتقي بطريرك الكنيسة الإثيوبية الجديد ماتياس في 19 تموز/يوليو في القاهرة، وقد يناقش معه هذا الأمر.
 وكان آخر لقاء بين بطريرك إثيوبيا الراحل الأنبا بولس والبابا شنودة الراحل في تشرين الثاني/نوفمبر 2010 في القاهرة.