قال الناطق باسم الحكومة السودانية، إن أمر العلاقات مع إسرائيل يجب أن ينظر فيها الجهاز التشريعي والمؤتمر الدستوري، وأكد الناطق باسم الحكومة السودانية في بيان له، فجر اليوم، الخميس، أن حكومته تمثل حكومة ثورة ولا يمكن أن يكون من أولوياتها الانقلاب على شعارات الثورة، ولا يمكنها التنكر للشعوب المضطهدة والمناضلة.وجاء بيان الحكومة السودانية تعليقا على لقاء رئيس الوزراء الإسرائيلي، بنيامين نتنياهو، رئيس مجلس السيادة الانتقالي في السودان، الفريق أول عبد الفتاح البرهان، الاثنين الماضي  في أوغندا.
أكد رئيس المجلس السيادي السوداني، الفريق أول عبد الفتاح البرهان، أن الاتصالات مع رئيس حكومة تسيير الأعمال الإسرائيلي، بنيامين نتنياهو، ووزير الخارجية الأمريكي، مايك بومبيو، بدأت منذ 3 أشهر لمناقشة ما يمكن أن يستفيد منه السودان، لافتَا إلى تشكيل لجنة من مجلسي السيادة والوزراء لدرس مزايا وعيوب العلاقة مع إسرائيل.

ونقلت قناة الجزيرة القطرية عن البرهان قوله إن "الاتصالات مع نتنياهو وبومبيو بدأت منذ 3 أشهر لمناقشة ما يمكن أن يستفيد منه السودان، وسيتم تشكيل لجنة من مجلسي السيادة والوزراء لدرس مزايا وعيوب العلاقة مع إسرائيل".

وتابع "المجلس لم يتصل بالسلطة الفلسطينية وأن الأخيرة نفسها تعترف بإسرائيل، وأن قرب علاقات السودان بإسرائيل قد يكون مفيدًا في مساعدة الفلسطينيين".

وأعلن مكتب رئيس الوزراء الإسرائيلي، بنيامين نتنياهو أن الأخير التقى، الاثنين الماضي، 3 فبراير/ شباط في أوغندا، رئيس مجلس السيادة الانتقالي في السودان، الفريق أول عبد الفتاح البرهان.

وأصدر مكتب نتنياهو بيانا جاء فيه: "لقد تم الاتفاق على بدء تعاون من شأنه أن يؤدي إلى تطبيع العلاقات بين البلدين"، بحسب صحيفة "هاآرتس" العبرية.

وجاء في بيان مكتب نتنياهو أن "رئيس الوزراء نتنياهو يعتقد أن السودان يسير في اتجاه إيجابي".

ولا يقيم السودان أي علاقات دبلوماسية مع إسرائيل، غير أنه في يناير/كانون الثاني 2016، قال إبراهيم غندور وزير الخارجية السوداني الأسبق (في ظل حكم الرئيس السوداني عمر البشير) إن تطبيع العلاقات مع إسرائيل ممكن بشرط رفع الحكومة الأمريكية العقوبات الاقتصادية