أكد المتحدث العسكري المصري العقيد أحمد علي، الأربعاء، أن الرئيس المعزول محمد مرسي ليس محتجزًا، وأنه لا احتجاز من دون أمر قضائي، وأن القوات المسلحة اتخذت بعض الإجراءات لحمايته، وكان تأمينه هو الهدف الرئيس من الإبقاء عليه.واستبعد المتحدث العسكري، في تصريحات تلفزيونية بثت صباح الأربعاء، فكرة نشوب حرب أهلية في مصر، مؤكدًا أن "أصحاب هذه الادعاءات لا يفهمون طبيعة الشعب  المصري، وأن القوات المسلحة هي جزء من الدولة، وإن مستقبل مصر بعد 30 حزيران/يونيو هو مستقبل يشمل الجميع، من دون إقصاء أو استثناء لأحد، وأنه لن تكون هناك أي ملاحقات لأي فرد لسبب خلاف سياسي، وأن إعطاء إطار ديني للخلاف السياسي عن طريق بعض الأشخاص هو نوع من التضليل لا يتفق مع الحالة المصرية". وحذر العقيد أحمد علي، من أن هناك حملة من الادعاءات والإشاعات تهدف إلى تشويه الجيش المصري، مؤكدًا أن "القوات المسلحة مؤسسة متماسكة لم تنقلب ولم ينشق قاداتها في تاريخها، وأن الأعمال التحريضية لا تزال مستمرة، وهي مرصودة عن طريق الجيش ووسائل الإعلام المختلفة، وأن هذه الأعمال تحاول دائمًا تصوير الخلاف السياسي على أنه خلاف ديني، وأن التحريض يشمل محاولات استهداف منشآت عسكرية، وأنه أمر غير مقبول في مصر أو أي دولة في العالم، فلا يمكن القبول بالتظاهر المسلح بالقرب من أي وحدة أو منشأة عسكرية أو منشأة إستراتيجية، والتحريض ينتج عنه مقتل وإصابة أبرياء، مما يعد أمرًا مرفوضًا، حيث أن الجيش المصري لم يخلق ليقتل مصريين، أو يُقتل بواسطة مصريين". وردًا على اتهامات البعض، ولا سيما قيادات جماعة "الإخوان المسلمين"، بأن ما حدث في 30 حزيران/يونيو هو انقلاب عسكري، وأن الجيش يطمع في تولي السلطة، قال المتحدث العسكري "إن القوات المسلحة أدت واجبها الوطني في تلبية مطالب الشعب، وكان هناك أكثر من 33 مليون مواطن مصري لهم طموحات في التغيير والإصلاح، والقوات المسلحة وفقًا لمهامها الوطنية ووفقًا لعقيدتها القتالية ومبادئها الأخلاقية والتاريخية لبت نداء شعبها،و هذا شيء موجود في أي دولة في العالم، وفي كل الدساتير في العالم، وهو أن القوات المسلحة حامية لرغبات الشعب، كانت ثورة عظيمة، وكان هناك تواجدًا للشعب المصري غير مسبوق في تاريخ البشرية، مما يدعو القوات المسلحة إلى الفخر بأنها مؤسسة ممثلة لشعب عظيم بهذا الشكل، والجيش ليس له أي تواجد على الساحة السياسية، فهناك رئيسًا للدولة، وهناك وزارة يتم تشكيلها، ونحن مهتمون بحماية الأمن القومي المصري والدفاع عن مصر وأرضها وشعبها فقط"، مشيرًا إلى استشعار مؤسسة القوات المسلحة للخطر الذي كان يهدد الأمن القومي المصري نتيجة للانقسامات الداخلية، وقد تم تنبيه الرئاسة بتلك المخاطر، إلا أن "القصر الرئاسي لم يفهم طبيعة هذه المخاطر". وبشأن الوضع الأمني في سيناء والهجمات المتكررة ضد الجيش، أكد العقيد علي أن "العملية العسكرية في سيناء لم تتوقف منذ إطلاقها في 7 أب/أغسطس من العام الماضي، وأن عمليات تدمير الأنفاق التي تربط سيناء بغزة مستمرة بشكل يومي، إضافة إلى التعزيزات الأمنية وإنشاء النقاط الأمنية والكمائن ومعاونة أجهزة وزارة الداخلية لاستعادة الأمن في سيناء، وأن القوات المسلحة قادرة على حسم الأمر في سيناء في وقت محدود".