تحتوى البيئة البحرية في محميات مرسى علم  على أنواع عديدة من الثدييات البحريّة المهددة بالانقراض مثل الحيتان، الدرافيل وعروسة البحر، والتي توجد في مناطق عديدة مثل شعاب صمداى وسطايح، واللذان يعتبران بمثابة بيت لتجمع الدرافيل الدوارة بشكل يومي خلال ساعات النهار، ما تعتبر مقصد أساسي للسائحين لزيارة تلك المناطق والسباحة مع الدرافيل في بيئتها الطبيعية،  ليست في حمامات السباحة للعرض مثل مناطق أخرى. ويتم رصد العديد من مسارات هجرة الحيتان في منطقة محمية وادي الجمال – حماطة في أوقات ثابتة من العام، وطالب باحثو البيئة بحماية هذه الأنواع المُهدّدة بالانقراض.